นายเสข วรรณเมธี อธิบดีกรมสารนิเทศ และโฆษกกระทรวงการต่างประเทศ รัฐบาลไทยให้ความสำคัญต่อข้อห่วงกังวลของข้าหลวงใหญ่สิทธิมนุษยชนแห่งสหประชาชาติ โดย รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ ได้มีหนังสือถึงข้าหลวงใหญ่สิทธิมนุษยชนแห่งสหประชาชาติ รวมทั้งคณะผู้แทนถาวรไทยประจำสหประชาชาติ ณ นครเจนีวา ได้ประสานงานกับสำนักงานข้าหลวงใหญ่สิทธิมนุษยชนแห่งสหประชาชาติอย่างใกล้ชิด โดยได้ชี้แจงใน 5 ประเด็นดังนี้
ยืนยัน ไทยเคารพหลักการสิทธิมนุษยชนระหว่างประเทศ และเสรีภาพในการแสดงความคิดเห็นในฐานะที่เป็นพื้นฐานที่สำคัญของสังคมประชาธิปไตย อย่างไรก็ดี มีความจำเป็นต้องคำนึงถึงการรักษาความสงบเรียบร้อย เนื่องจากอยู่ในช่วงของการปฏิรูปเพื่อนำสู่ประชาธิปไตยที่มั่นคงและยั่งยืน
ขณะที่ คำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) ที่ 13/2559เป็นส่วนหนึ่งของนโยบายปราบปรามอาชญากรรมและผู้มีอิทธิพลซึ่งเป็นปัญหาที่สั่งสมมานานในสังคมไทย โดยได้ให้อำนาจแต่งตั้งนายทหารเป็นผู้สนับสนุนเจ้าหน้าที่ตำรวจในการบังคับใช้กฎหมาย ทั้งนี้ หากเจ้าหน้าที่ใช้อำนาจในทางมิชอบ ผู้เสียหายสามารถฟ้องร้องพฤติกรรมดังกล่าวได้
ส่วนคำสั่งหัวหน้า คสช.ที่ 14/2559 เรื่องคณะกรรมการที่ปรึกษาการบริหารและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ และการกำหนดอำนาจหน้าที่ของกองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร มีวัตถุประสงค์เพื่อส่งเสริมแนวทางการดำเนินงานในจังหวัดชายแดนภาคใต้ทั้งด้านความมั่นคงและการพัฒนาพื้นที่ให้มีการบูรณาการและมีเอกภาพมากยิ่งขึ้น
นอกจากนี้ ยังชี้แจงส่วนของการร่างรัฐธรรมนูญเป็นกระบวนการที่เปิดกว้างให้ทุกภาคส่วนมีส่วนร่วมแสดงความคิดเห็นอย่างครอบคลุม รวมถึงข้อเสนอแนะของกระทรวงการต่างประเทศ เกี่ยวกับประเด็นสิทธิและเสรีภาพ ที่สอดคล้องกับข้อคิดเห็นของสำนักงานข้าหลวงใหญ่สิทธิมนุษยชนแห่งสหประชาชาติ รวมถึงในขั้นตอนประชามติ โดยเปิดประชาชนมีเสรีภาพในการแสดงความคิดเห็นและเผยแพร่ความคิดเห็นโดยสุจริตและไม่ขัดต่อกฎหมาย ทั้งนี้ ผลการลงประชามติย่อมขึ้นอยู่กับดุลพินิจของประชาชน
