เมื่อวันที่ 18 เมษายน 2559 พลเอกธนะศักดิ์ ปฏิมาประกร รองนายกรัฐมนตรี เป็นประธานในการประขุมคณะกรรมการอำนวยการและควบคุมการดำเนินงานโครงการอนุรักษ์และพัฒนานครประวัติศาสตร์อยุธยา โดยมีนายวีระ โรจน์พจนรัตน์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงวัฒนธรรม ผู้ว่าราชการจังหวัดพระนครศรีอยุธยา และส่วนราชการที่เกี่ยวข้อง เพื่อรับทราบผลการดำเนินงานของอุทยานประวัติศาสตร์พระนครศรีอยุธยา รอบปี 2554 – 2558 และการดำเนินงานตามแผนแม่บทโครงการอนุรักษ์และพัฒนานครประวัติศาสตร์พระนครศรีอยุธยา พ.ศ.2536-2544 และภายหลังเสร็จสิ้นแผนแม่บท โดยได้ใช้แนวทางของแผนแม่บทฉบับเดิมมาจนถึงปัจจุบัน ซึ่งพบปัญหาต่างๆ ที่สำคัญ ได้แก่ การประสานงานระหว่างหน่วยงานต่างๆ ในอดีตมีการบังคับใช้กฎหมายตามภารกิจของหน่วยงาน รวมทั้งแผนแม่บทไม่สอดคล้องกับสถานการณ์ปัจจุบัน อย่างไรก็ตาม พื้นที่มรดกโลกในเกาะเมืองอยุธยา 1,810 ไร่ ยังประสบปัญหาการบุกรุก การก่อสร้างทับซ้อนโบราณสถานย่านการค้าโบราณ แนวถนนและคูคลองโบราณ การต่อเติมร้านค้าและดัดแปลงเป็นที่อยู่อาศัย ที่พระวิหารวัดมงคลบพิตร อีกทั้งยังมีการตั้งร้านค้าต้นไม้ริมทางที่ถนนป่าโทน และชีกุนทำให้เกิดปัญหาจราจร และเกิดปัญหาด้านสิ่งแวดล้อม มลพิษ และน้ำเน่าเสียอีกด้วย นอกจากนี้ ยังมีสิ่งก่อสร้างที่ไม่ใช้ประโยชน์ ได้แก่ ตลาดบก ตลาดน้ำ บึงพระราม และพื้นที่หลังศาลากลางเก่า
พลเอกธนะศักดิ์ กล่าวต่อว่า เมืองมรดกโลกอยุธยามีศักยภาพสูงทั้งในด้านวัฒนธรรมและการท่องเที่ยว มีนักท่องเที่ยวทั้งชาวไทยและต่างประเทศในปีที่ผ่านมากกว่า 1,800,000 คน ตนจึงได้มอบหมายให้กรมศิลปากร จังหวัดพระนครศรีอยุธยา องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น และหน่วยงานในพื้นที่ ร่วมกันพัฒนาพื้นที่เพื่อนำมาใช้ประโยชน์ ร่วมถึงความร่วมมือกันของผู้ประกอบการ ร้านค้า ภาคเอกชน และส่วนราชการในการจัดระเบียบพื้นที่ให้มีความเป็นระเบียบร้อย มีความสะอาด สมกับเป็นเมืองมรดกโลก และเร่งรัดการแก้ปัญหาให้เป็นรูปธรรม รวมทั้งเป็นที่ยอมรับจากทุกภาคส่วนในการแก้ไขปัญหาร่วมกัน โดยในระยะเร่งด่วน ได้แก่ การบุกรุกพื้นที่โบราณสถาน การจัดระเบียบรานค้าบริเวณพระวิหารมงคลบพิตร ส่วนในระยะยาว ได้แก่ การจัดทำแผนแม่บท และการปรับปรุงภูมิทัศน์ ซึ่งจะมีการศึกษาและจัดทำแผนแม่บทโครงการอนุรักษ์และพัฒนานครประวัติศาสตร์พระนครศรีอยุธยา ให้เป็นปัจจุบันในระยะ 5-10 ปี ใน 8 แผนงาน ได้แก่ การใช้ที่ดินและกฎหมาย งานโบราณคดีและอนุรักษ์ การพัฒนาสาธารณูปโภค การปรับปรุงชุมชนในเขตโบราณสถาน การพัฒนาสำนักงานและกำลังคน การบริการวิชาการ ท่องเที่ยวและประชาสัมพันธ์ การพัฒนาเศรษฐกิจและสังคม และมาตรการลดผลกระทบจากภัยพิบัติ เป็นต้น ทั้งนี้ จะได้เสนอแผนแม่บทดังกล่าวต่อคณะกรรมการมรดกโลกของยูเนสโกภายในเดือนธันวาคมนี้
